Das Monitoring der Substitutionsprogramme wird im Falle der Methadon- und auch bei der Buprenorphin-Substitution auf Kantonsebene wahrgenommen. Das Monitoring der Heroin-gestützten Behandlung ( HeGeBe ) erfolgt auf Bundesebene vom Bundesamt für Gesundheit ( BAG ).
Angaben über jede/n im Rahmen einer Substitutionsherapie behandelte/n Patient/in sowie die beteiligten Fachpersonen werden daher von der Dienststelle Gesundheit und Sport im Rahmen des Bewilligungsprozesses erfasst. Am Ende des Behandlungsjahres werden diese Daten anonymisiert ausgewertet. Die Daten sind einerseits notwendig, damit der Kantonsarzt die Aufsichts- und Kontrollfunktion bei den Bewilligungen zur medizinisch indizierten Substitutionsbehandlung mit Betäubungsmitteln wahrnehmen kann. Andererseits dienen diese Daten und deren Auswertung im Rahmen des Monitorings der Qualitätssicherung der Behandlungen in Zusammenarbeit mit Drogenexperten des Kantons.
Eine andere Form des Monitorings der im Drogenbereich tätigen Institutionen stellt das Monitoringinstrument QuaTheDA (Qualität in der Therapie der Drogen und Alkohol) dar. Dieses Instrument wird durch eine nationale Arbeitsgruppe mit Vertretern aus allen Kantonen ausgearbeitet und durch eine grossangelegte Vernehmlassung weiter diskutiert. Ein System der Zertifizierung der im niederschwelligen Suchtbereich tätigen Institutionen wird mit dem QuaTheDA angestrebt.